Au fur et à mesure qu’il tombait dans l’oubli comme compositeur d’opéra, sa réputation grandissait en tant que théoricien de la musique et musicologue. Une grande partie de ses écrits étaient consacrés à la musique de l’antiquité, comme dans L’histoire et théorie de la musique de l’antiquité (1875-1881) ou Les problèmes musicaux d’Aristote (1899).